From 4cbcc855382a06088e2f016f62cafdbcb7e40665 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: V3n3RiX Date: Sun, 20 Mar 2022 00:40:44 +0000 Subject: gentoo resync : 20.03.2022 --- .../fasta/files/fasta-36.3.5e-ldflags.patch | 74 ---------------------- .../fasta/files/fasta-36.3.8h-ldflags.patch | 63 ++++++++++++++++++ 2 files changed, 63 insertions(+), 74 deletions(-) delete mode 100644 sci-biology/fasta/files/fasta-36.3.5e-ldflags.patch create mode 100644 sci-biology/fasta/files/fasta-36.3.8h-ldflags.patch (limited to 'sci-biology/fasta/files') diff --git a/sci-biology/fasta/files/fasta-36.3.5e-ldflags.patch b/sci-biology/fasta/files/fasta-36.3.5e-ldflags.patch deleted file mode 100644 index a6eeabfdf46c..000000000000 --- a/sci-biology/fasta/files/fasta-36.3.5e-ldflags.patch +++ /dev/null @@ -1,74 +0,0 @@ - make/Makefile.pcom | 8 ++++---- - make/Makefile.pcom_s | 8 ++++---- - make/Makefile.pcom_t | 8 ++++---- - 3 files changed, 12 insertions(+), 12 deletions(-) - -diff --git a/make/Makefile.pcom b/make/Makefile.pcom -index 9c5f801..33fc001 100644 ---- a/make/Makefile.pcom -+++ b/make/Makefile.pcom -@@ -209,14 +209,14 @@ print_pssm : print_pssm.c getseq.c karlin.c apam.c - $(CC) -o print_pssm $(CFLAGS) print_pssm.c getseq.c karlin.c apam.c $(LIB_M) - - map_db : map_db.c uascii.h ncbl2_head.h -- $(CC) $(CFLAGS) -o $(BIN)/map_db map_db.c -+ $(CC) $(CFLAGS) $(HFLAGS) $(BIN)/map_db map_db.c - - list_db : list_db.c -- $(CC) $(CFLAGS) -o $(BIN)/list_db list_db.c -+ $(CC) $(CFLAGS) $(HFLAGS) $(BIN)/list_db list_db.c - - - lav2ps : lav2plt.o lavplt_ps.o -- $(CC) -DUNIX -o $(BIN)/lav2ps lav2plt.o lavplt_ps.o -lm -+ $(CC) -DUNIX $(HFLAGS) $(BIN)/lav2ps lav2plt.o lavplt_ps.o -lm - - lav2svg : lav2plt.o lavplt_svg.o -- $(CC) -DUNIX -o $(BIN)/lav2svg lav2plt.o lavplt_svg.o -lm -+ $(CC) -DUNIX $(HFLAGS) $(BIN)/lav2svg lav2plt.o lavplt_svg.o -lm -diff --git a/make/Makefile.pcom_s b/make/Makefile.pcom_s -index dc53001..8a45044 100644 ---- a/make/Makefile.pcom_s -+++ b/make/Makefile.pcom_s -@@ -143,14 +143,14 @@ print_pssm : print_pssm.c getseq.c karlin.c apam.c - $(CC) -o print_pssm $(CFLAGS) print_pssm.c getseq.c karlin.c apam.c $(LIB_M) - - map_db : map_db.c uascii.h ncbl2_head.h -- $(CC) $(CFLAGS) -o $(BIN)/map_db map_db.c -+ $(CC) $(CFLAGS) $(HFLAGS) $(BIN)/map_db map_db.c - - list_db : list_db.c -- $(CC) $(CFLAGS) -o $(BIN)/list_db list_db.c -+ $(CC) $(CFLAGS) $(HFLAGS) $(BIN)/list_db list_db.c - - - lav2ps : lav2plt.o lavplt_ps.o -- $(CC) -DUNIX -o $(BIN)/lav2ps lav2plt.o lavplt_ps.o -lm -+ $(CC) -DUNIX $(HFLAGS) $(BIN)/lav2ps lav2plt.o lavplt_ps.o -lm - - lav2svg : lav2plt.o lavplt_svg.o -- $(CC) -DUNIX -o $(BIN)/lav2svg lav2plt.o lavplt_svg.o -lm -+ $(CC) -DUNIX $(HFLAGS) $(BIN)/lav2svg lav2plt.o lavplt_svg.o -lm -diff --git a/make/Makefile.pcom_t b/make/Makefile.pcom_t -index 8a71438..5b08a50 100644 ---- a/make/Makefile.pcom_t -+++ b/make/Makefile.pcom_t -@@ -164,14 +164,14 @@ print_pssm : print_pssm.c getseq.c karlin.c apam.c - $(CC) -o print_pssm $(CFLAGS) print_pssm.c getseq.c karlin.c apam.c $(LIB_M) - - map_db : map_db.c uascii.h ncbl2_head.h -- $(CC) $(CFLAGS) -o $(BIN)/map_db map_db.c -+ $(CC) $(CFLAGS) $(HFLAGS) $(BIN)/map_db map_db.c - - list_db : list_db.c -- $(CC) $(CFLAGS) -o $(BIN)/list_db list_db.c -+ $(CC) $(CFLAGS) $(HFLAGS) $(BIN)/list_db list_db.c - - - lav2ps : lav2plt.o lavplt_ps.o -- $(CC) -DUNIX -o $(BIN)/lav2ps lav2plt.o lavplt_ps.o -lm -+ $(CC) -DUNIX $(HFLAGS) $(BIN)/lav2ps lav2plt.o lavplt_ps.o -lm - - lav2svg : lav2plt.o lavplt_svg.o -- $(CC) -DUNIX -o $(BIN)/lav2svg lav2plt.o lavplt_svg.o -lm -+ $(CC) -DUNIX $(HFLAGS) $(BIN)/lav2svg lav2plt.o lavplt_svg.o -lm diff --git a/sci-biology/fasta/files/fasta-36.3.8h-ldflags.patch b/sci-biology/fasta/files/fasta-36.3.8h-ldflags.patch new file mode 100644 index 000000000000..40070d50fe76 --- /dev/null +++ b/sci-biology/fasta/files/fasta-36.3.8h-ldflags.patch @@ -0,0 +1,63 @@ +--- a/make/Makefile.pcom ++++ b/make/Makefile.pcom +@@ -216,14 +216,14 @@ + $(CC) -o print_pssm $(CFLAGS) print_pssm.c getseq.c karlin.c apam.c pssm_asn_subs.c $(LIB_M) $(LIB_DB) + + map_db : map_db.c uascii.h ncbl2_head.h +- $(CC) $(CFLAGS) -o $(BIN)/map_db map_db.c ++ $(CC) $(CFLAGS) $(HFLAGS) $(BIN)/map_db map_db.c + + list_db : list_db.c +- $(CC) $(CFLAGS) -o $(BIN)/list_db list_db.c ++ $(CC) $(CFLAGS) $(HFLAGS) $(BIN)/list_db list_db.c + + + lav2ps : lav2plt.o lavplt_ps.o +- $(CC) -DUNIX -o $(BIN)/lav2ps lav2plt.o lavplt_ps.o -lm ++ $(CC) -DUNIX $(HFLAGS) $(BIN)/lav2ps lav2plt.o lavplt_ps.o -lm + + lav2svg : lav2plt.o lavplt_svg.o +- $(CC) -DUNIX -o $(BIN)/lav2svg lav2plt.o lavplt_svg.o -lm ++ $(CC) -DUNIX $(HFLAGS) $(BIN)/lav2svg lav2plt.o lavplt_svg.o -lm +--- a/make/Makefile.pcom_s ++++ b/make/Makefile.pcom_s +@@ -149,14 +149,14 @@ + $(CC) -o print_pssm $(CFLAGS) print_pssm.c getseq.c karlin.c apam.c pssm_asn_subs.c $(LIB_M) $(LIB_DB) + + map_db : map_db.c uascii.h ncbl2_head.h +- $(CC) $(CFLAGS) -o $(BIN)/map_db map_db.c ++ $(CC) $(CFLAGS) $(HFLAGS) $(BIN)/map_db map_db.c + + list_db : list_db.c +- $(CC) $(CFLAGS) -o $(BIN)/list_db list_db.c ++ $(CC) $(CFLAGS) $(HFLAGS) $(BIN)/list_db list_db.c + + + lav2ps : lav2plt.o lavplt_ps.o +- $(CC) -DUNIX -o $(BIN)/lav2ps lav2plt.o lavplt_ps.o -lm ++ $(CC) -DUNIX $(HFLAGS) $(BIN)/lav2ps lav2plt.o lavplt_ps.o -lm + + lav2svg : lav2plt.o lavplt_svg.o +- $(CC) -DUNIX -o $(BIN)/lav2svg lav2plt.o lavplt_svg.o -lm ++ $(CC) -DUNIX $(HFLAGS) $(BIN)/lav2svg lav2plt.o lavplt_svg.o -lm +--- a/make/Makefile.pcom_t ++++ b/make/Makefile.pcom_t +@@ -171,14 +171,14 @@ + $(CC) -o print_pssm $(CFLAGS) print_pssm.c getseq.c karlin.c apam.c pssm_asn_subs.c $(LIB_M) $(LIB_DB) + + map_db : map_db.c uascii.h ncbl2_head.h +- $(CC) $(CFLAGS) -o $(BIN)/map_db map_db.c ++ $(CC) $(CFLAGS) $(HFLAGS) $(BIN)/map_db map_db.c + + list_db : list_db.c +- $(CC) $(CFLAGS) -o $(BIN)/list_db list_db.c ++ $(CC) $(CFLAGS) $(HFLAGS) $(BIN)/list_db list_db.c + + + lav2ps : lav2plt.o lavplt_ps.o +- $(CC) -DUNIX -o $(BIN)/lav2ps lav2plt.o lavplt_ps.o -lm ++ $(CC) -DUNIX $(HFLAGS) $(BIN)/lav2ps lav2plt.o lavplt_ps.o -lm + + lav2svg : lav2plt.o lavplt_svg.o +- $(CC) -DUNIX -o $(BIN)/lav2svg lav2plt.o lavplt_svg.o -lm ++ $(CC) -DUNIX $(HFLAGS) $(BIN)/lav2svg lav2plt.o lavplt_svg.o -lm -- cgit v1.2.3